Le GX se passe quelques années après le yu-gi-oh normal. Cette fois, c'est l'histoire de Jaden Yuki.
Quelque année plus tard, Kaiba crée une académie de duelliste. Elle est composé de 3 grades:
Slifer rouge: les plus faibles de l'académie.
Jaune Râ: Les moyen.
Obelisk bleu: les meilleurs.
Ces trois grade son fait par rapport au 3 grande carte divine. Le plus de cette académie de duelliste est Zane Truesdale, le frère d'un des compagnon rouge de Jaden.
Jaden Yuki est un des élèves de cette académie. Il est seulement un slifer rouge mais il bat des obelisk bleu en duel de monstre. Le seul qui n'arrive pas à vaincre est Zane, le plus puissant de tous. Le but de Jaden est de devenir le plus grand joueur de duel de monstre, ce qui veut dire battre Yugi Moto.
- Spoiler: